Informations//Installations de Gildas (IRAM) au LRA.
Dernière mise à jour 24-03-2010 11:41 / Bertrand DelforgeRetour rubrique Informations
Introduction
Dernière mise-à-jour: 24/03/10.
Des installations réseau de GILDAS sont disponibles dans un même répertoire /usr/import/gildas depuis tous les PC du LRA. Ce répertoire est un point de montage pour des disques différents : un disque contenant des versions compilées 32 bits, et un contenant des versions compilées 64 bits. Le répertoire pointe vers la version correspondant au processeur de votre machine.
Sommaire
Installation actuelle
Nom de répertoire
Un lien symbolique nommé gildas-current pointe vers l'installation actuelle de GILDAS:
/usr/import/gildas/gildas-current/
Date de la version de l'installation actuelle
L'installation actuelle correspond à la release utilisateur officielle de novembre 2009.
Compilateur de l'installation actuelle
L'installation actuelle a été compilée avec ifort. Consultez Compilateurs Fortran, C, C++ Intel pour Linux pour une liste des compilateurs installés au labo.
Répertoire de l'installation actuelle
Le lien symbolique gildas-current pointe vers le répertoire
/usr/import/gildas/gildas-exe-apr09a/
Initialiser l'environnement
Quelques variables d'environnement et chemins d'accès doivent être initialisés pour que les applications de GILDAS puissent s'exécuter sur votre machine.
Si vous utilisez bash, ajoutez ces lignes à votre .bashrc :
export GAG_ROOT_DIR=/usr/import/gildas/gildas-current export GAG_EXEC_SYSTEM=local_system source $GAG_ROOT_DIR/etc/bash_profile
Si vous utilisez csh, voici les lignes à ajouter à votre .login :
setenv GAG_ROOT_DIR /usr/import/gildas/gildas-current setenv GAG_EXEC_SYSTEM local_system source $GAG_ROOT_DIR/etc/login
Démarrer GILDAS
Une fois l'environnement initialisé (voir ci-dessus), vous devriez pouvoir lancer les applications de GILDAS. Par exemple, CLASS :
shell> class
Limitations
Widgets
Les widgets (composants graphiques : fenêtres, boutons, cases à cocher) sont indisponibles car les librairies de Motif n'ont pas été détectées au moment de la compilation (absentes ?). Point de clicodrôme pour l'instant, donc.
Python
L'interface python de class est indisponible pour le moment, les librairies python n'ayant pas été trouvées par les scripts d'installation.
Installer une nouvelle version de GILDAS au LRA
Cette partie concerne l'installation de GILDAS, en particulier son installation au LRA. Le LRA fournit de l'espace disque pour GILDAS, disques partagés par tout le labo. Pas besoin de surcharger votre home.
Obtenir les droits en écriture
Le répertoire où sont installées les version de GILDAS doit vous être accessible en écriture.
Pour vous assurer que vous avez les droits en écriture, vous pouvez essayer :
shell> cd /usr/import/gildas shell> touch delete_me.dummy shell> rm delete_me.dummy
Si le système ne vous laisse pas creer delete_me.dummy et vous retourne l'erreur
touch: cannot touch `delete_me.dummy': Permission denied
alors vous n'avez pas les droits en écriture. Vous pouvez vous adresser à Jean-François pour demander ces droits, et au passage l'informer de la nouvelle installation de GILDAS que vous effectuez.
Télécharger GILDAS
GILDAS peut-être téléchargé depuis sa page sur le site de l'IRAM.
Rendez-vous sur http://www.iram.fr/IRAMFR/GILDAS/.
Sélectionnez la rubrique Download dans le cadre de gauche.
Sous la section UNIX/Linux/OSX sources, suivez le lien download area.
Choisissez dans la liste le gildas-src-mmmyya.tar.gz qui vous intéresse. mmmyy correspond au mois et à l'année. Attention : cette liste est ordonnée alphabétiquement et non chronologiquement, octobre apparaît donc avant septembre.
Enregistrez le fichier choisi sous /usr/import/gildas.
Versions 32 et 64 bits
Il faudra installer votre nouvelle version de GILDAS en double, c'est à dire sur les machines 32 et les machines 64 bits. Le LRA met à disposition deux disques durs différents, un pour les versions compilées 32 bits, un pour les versions 64. Ces deux disques sont montés en un même point, /usr/import/gildas/ : pour les machines 32 bits (resp. 64), c'est le disque destiné à recevoir les GILDAS 32 (resp. 64) bits qui est monté. Il faudra donc copier gildas-src-mmmyya.tar.gz sur les deux disques.
A l'étape précédente, vous avez enregistré un .tar.gz sous /usr/import/gildas, c'est à dire sur le disque 32 ou le disque 64, mais pas sur les deux. Il va maintenant falloir le copier de l'un à l'autre. Pour savoir où vous avez enregistré votre .tar.gz, vous pouvez entrer la commande shell suivante :
mount |grep gildas
Voici les réponses attendues :
32 bits : sd03:/raid/15/export/i686/gildas
64 bits : sd03:/raid/15/export/x86_64/gildas
Si vous obtenez la première réponse, alors vous êtes sur une machine 32 bits et souhaitez maintenant copier votre tar.gz sur une machine 64 bits. Inversement, si vous obtenez la seconde réponse, c'est vers une machine 32 bits que vous souhaitez copier. Je vous propose d'utiliser les machines px09 (32 bits) et px18 (64 bits) pour effectuer cette copie.
de 32 vers 64 : scp -pv gildas-src-mmmyya.tar.gz px18:/usr/import/gildas/
de 64 vers 32 : scp -pv gildas-src-mmmyya.tar.gz px09:/usr/import/gildas/
Attention : il se peut que la commande scp ne fasse rien, ne copie pas. Cela arrive parfois quand votre fichier .bashrc ou .cshrc (utilisé puisqu'un shell est ouvert sur la machine destination) contient des appels à d'autres scripts shell. Par exemple, une ligne source $GAG_ROOT_DIR/etc/bash_profile (pour initialiser automatiquement GILDAS au démarrage dans ce cas precis) dans votre .bashrc peut empêcher le fonctionnement de scp. Si vous avez ce probleme, vous pouvez temporairement commenter les lignes source de votre .bashrc.
Je vous conseille maintenant d'ouvrir deux consoles shell : une pour votre machine (32 ou 64) et l'autre vers une autre machine (64 ou 32) via un slogin ou ssh. Vous pouvez par exemple utiliser px09 comme machine 32 bits et px18 comme machine 64 bits. Toutes les opérations suivantes sont à faire dans les deux consoles, ie sur les deux machines.
Décompression
Conformément aux instructions données sur la page de l'IRAM, décompressez maintenant vos .tar.gz :
shell> cd /usr/import/gildas shell> gunzip gildas-src-mmmyya.tar.gz shell> tar -xvf gildas-src-mmmyya.tar shell> rm gildas-src-mmmyya.tar
Compilation
Attention : avant de lancer la compilation, un script va régler des variables d'environnement, en particulier des chemins d'accès aux fichiers (paths). Il est important de lancer ce script depuis le bon répertoire car les chemins d'accès sont pour la pluspart relatifs au répertoire courant.
shell> cd gildas-src-ddmmmyy shell> source admin/gildas-env.sh
Vous pouvez prendre note des informations affichées par ce script (copier-coller), elles sont précieuses pour la résolution d'éventuels problèmes. Si leur sens reste obscur pour vous, il est limpide pour l'équipe GILDAS à Grenoble et Bordeaux.
Vient ensuite la compilation qui peut durer une bonne vingtaine de minutes (variable selon les machines).
shell> make
Installation
Le code est maintenant compilé, il faut encore copier les exécutables aux emplacements appropriés.
shell> make install
Nettoyage
Pour économiser l'espace disque, vous pouvez demander à GILDAS de nettoyer les fichiers produits par la compilation dont il n'a plus besoin.
shell> make distclean
Je viens de le faire à l'instant et mon répertoire gildas-src-ddmmmyy vient de passer de 431 à 102 Mo, cette étape est donc loin d'être négligeable.
Liens symboliques
Il faut maintenant mettre à jour le lien symbolique gildas-current. Pour cela, retournez en dans le répertoire /usr/import/gildas. Un ls vous montrera la présence d'un nouveau répertoire créé par make install : gildas-exe-ddmmmyy. Ce répertoire contient par exemple :
shell> ls gildas-exe-ddmmmyy demo doc etc include pro x86_64-suse10.1-ifort
Créez simplement un lien vers le repertoire de cette distrib :
shell> rm gildas-current shell> ls -s gildas-src-ddmmmyy gildas-current
Afin de faciliter les initialisations de gildas sur les differentes machines, je vous propose de créer un autre lien symbolique. En effet, les exécutables 64 et 32 bits sont dans des répertoires aux noms différents : x86_64-suse10.1-ifort et pc-suse10.0-ifort. Utilisons des liens symboliques de même nom pour masquer cette différence.
Sur machines 64 bits :
cd gildas-current ln -s x86_64-suse10.1-ifort local_system
Sur machines 32 bits :
cd gildas-current ln -s pc-suse10.0-ifort local_system
Si le nom du répertoire n'est pas un des deux exemples ci-dessous (parce que vous compilez avec g95 sous Solaris ou que sais-je), adaptez simplement la ligne ln -s.
Deux nouvelles variables d'environnement
Le script bash_profile contenu dans le repertoire etc s'attend a ce que les variables d'environnement GAG_ROOT_DIR et GAG_EXEC_SYSTEM soient definies. A la fin de l'installation réussie de gildas avec make install s'affiche un message vous invitant à ajouter trois lignes à votre .bashrc ou à votre .login. Nous allons le faire, mais en les modifiant légèrement afin de pouvoir utiliser les versions 32 et 64 bits de façon transparantes.
Voir plus haut, sous la rubrique "Initialiser l'environnement" pour savoir comment préparer votre système à l'utilisation du Gildas que vous venez d'installer.
Prévenir le reste du labo
Et n'oubliez pas d'envoyer un mail à vos collegues du LRA pour les prévenir du changement et les rassurer en cas de problème : puisqu'aucune version précédente de GILDAS n'a été effacée, ils peuvent toujours utiliser leur version préférée moyennant d'en connaître le chemin d'accès et de ne plus utiliser le lien symbolique gildas-current au moment d'initialiser leur environnement (voir plus haut).
